NEC、分子動力学法の非結合力計算を高速に処理するサーバを出荷

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NEC、分子動力学法の非結合力計算を高速に処理するサーバを出荷


掲載日:2005/12/01


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 日本電気株式会社は、コンピュータシミュレーションを活用して新薬の開発効率を高めるバイオIT用途として、分子動力学法での非結合力計算を高速に処理する専用計算ボード“MDエンジン”を搭載した分子動力学計算サーバー「Expresss5800/MD Server」を、出荷した。価格は、340万円からとなっている。

 「Expresss5800/MD Server」は、クーロン力や分子間力などの非結合力計算を高速に処理する計算専用ボード“MDエンジン”の実装により、シミュレーション時間を短縮した専用サーバー。PCサーバー1台を用いたMD計算と比較して、約340倍の高速化を実現している。計算時間削減のためのカットオフ(遠距離原子間の非結合力を計算しない方法)を用いずに、分子全体の力の計算を高精度に処理することが可能で、分子の構造や分子間の位置関係が化学的/生物学的にあり得ない状態になるという計算エラーの発生を抑えることができる。

 分子動力学シミュレーションソフト「AMBER」をサポートし、専用のGUIツールが別売で提供される。PCなどのクライアントから「MD Server」上のプログラムを実行することや、計算結果をグラフィック表示することができる。また、専用のライブラリ関数が提供され、利用者の分子動力学プログラムも同サーバーに移植し、実行することができる。また、利用者の分子動力学プログラムへの適用などでの技術サポートも含むサポート体制が用意されている。


出荷日・発売日 2005年11月30日 出荷
価格 3,400,000円〜

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