事例●横浜市立大学大学院のポスト・ゲノム解析でHPのLinuxクラスタを導入

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事例●横浜市立大学大学院のポスト・ゲノム解析でHPのLinuxクラスタを導入


掲載日:2004/12/22


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 日本ヒューレット・パッカード株式会社は、同社のLinuxハイパフォーマンスクラスタ「HP XC3000クラスタ」が、横浜市立大学の大学院の“ポスト・ゲノム”解析研究用に採用され、本格稼働を開始したと発表した。

 横浜市立大学大学院総合理学研究科の生体超分子システム科学専攻は、“ポスト・ゲノム”という生命現象に関わるタンパク質や、遺伝情報を蓄えるDNAなどの構造と機能、それらの相互作用の解明を進める研究を行なっている。「XCクラスタ」は、同専攻の特に情報科学分野で、たんぱく質の立体構造に関する情報、分子シミュレーション法に基づく分子構造の予測や、遺伝子の一次構造に基づく遺伝子機能の解析に利用される。同専攻では、より高速なタンパク質の構造解析、より大規模な分子シミュレーションを行なえるシステムが必要と判断し、「XCクラスタ」を導入した。超並列処理による高速処理を行なうため204ノード(408 CPU)構成の大規模クラスタを導入し、2.4テラフロップスの演算処理が可能となった。

 「XCクラスタ」には、検証を経たHPC向けオープンソースソフトウエアが組み込まれているため、最先端のHPC技術を取り込むことが可能となっている。また「XCクラスタ」は、高い拡張性と信頼性を実現する「HP ProLiant DL360」サーバー192ノードおよび「DL380」サーバー12ノードでシステムを構成しており、HPC分野に適した高い処理性能を実現可能となっている。さらに、日本HPがオープンソースソフトウエアを用いた「XCクラスタ」の構成/保守サービスを提供し、住商エレクトロニクス株式会社が全体のSIおよび運用管理サポートを提供するため、両社の協調による優れたシステムの安定稼働を実現することができる。HPC分野で実績/定評のある管理操作画面および操作性の優れたオープンソースソフトウエアをHPが検証/組み合わせ、クラスタシステムを一元的に管理できるように構成している。


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